2013年上半年我市新农合全市政策补偿比例达69.4%，实际补偿比达53.2%，分别比去年同期提高5和6个百分点，跃居全省首位，比全省平均政策补偿比、实际补偿比高出7和6个百分点。
2013年以来，我市围绕国家、省、市医改实施方案和政府绩效考核目标任务要求，努力推进新农合各项工作。通过加大筹资力度、提高补偿标准、扩大药品目录并制定自付比例、实施大病转诊和分段补偿、加强医疗机构监管等五项措施，提高新农合保障水平和经办管理水平，出色完成了各项任务指标。上半年，市、县两级卫生部门共开展医疗机构督导73次，抽查病历4829份，发出整改通知（函）163份（次），落实奖惩措施，单列管理超控科室，开展定期通报和重点通报，督促新农合指标超控单位采取有效措施加以整改，进一步规范了医疗机构诊疗行为。
2013年我市各县（市、区）人均筹资水平提高到340-420元，其中石狮市达到420元，晋江市达到380元。住院补偿封顶线提高到10-15万元，乡级、县级、县外住院补偿比例分别提高到90%-95%、80%-90%、55%-80%，普通门诊补偿比例提高到70%左右，特殊门诊病种增加到18-30种。泉港、石狮、晋江、南安、安溪、永春、德化等7个县（市、区）实施大病转诊及县内无法医治疾病报销办法。